工伤认定申请社保停止缴纳的处理可能受以下特殊情况影响。
1. 公司已依法破产或注销：若公司因破产停止经营并注销，员工向社保部门投诉或申请仲裁时，可能因主体不存在无法直接追责，需向破产清算组申报债权，优先主张工伤待遇，但最终能否获得赔偿取决于公司破产财产状况。
2. 员工自愿放弃社保后公司停缴：若员工曾签署“自愿放弃社保”协议，公司据此停缴社保，虽协议因违反法律强制性规定无效，但员工需举证证明协议是被迫签署，否则维权时可能需承担一定举证责任，延长维权周期。
3. 社保停缴因系统故障导致：若社保停缴是社保局系统错误而非公司故意为之，员工需先向社保局申请核查更正，而非直接投诉公司，否则可能因主体错误导致维权无效。
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您的问题涉及工伤认定申请期间社保停缴的法律依据，以下结合具体法规为您分析。
根据《工伤保险条例》第二条，用人单位应为全部职工缴纳工伤保险费，职工有权享受工伤待遇；第六十二条明确，未参加工伤保险的用人单位职工发生工伤，由单位按待遇标准支付费用，逾期补缴的需加收滞纳金并可能被罚款。您在工伤认定申请期间遭遇社保停缴，若公司未依法缴纳，违反上述条款，您可据此向社保部门投诉要求补缴，或申请劳动仲裁主张公司支付工伤待遇。同时，《社会保险法》第五十八条规定用人单位需自用工之日起三十日内办理社保登记，公司停缴行为若未履行法定程序，属违法，您的维权主张符合法律规定。
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工伤认定申请社保停止缴纳可能存在以下法律风险，结合实例为您说明。
1. 工伤待遇无法报销的风险：例如，员工因工受伤后申请工伤认定，期间公司停缴社保，若未及时维权，治疗工伤的医疗费用无法从社保基金报销，需自行承担数万元医疗费，而公司可能以“已停缴社保”为由拒绝支付。
2. 诉讼时效过期的风险：比如，员工2023年1月发现社保停缴，2024年2月才申请仲裁，已超过一年仲裁时效，劳动仲裁委可能驳回申请，员工无法通过法律途径要求公司补缴社保或支付工伤待遇。
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针对您提出的“工伤认定申请社保停止缴纳怎么办”的问题，首先为您提供最直接的解决方案。
工伤认定申请期间社保停止缴纳，员工可向社保部门投诉或申请劳动仲裁。

1. 若社保停止缴纳发生在工伤认定申请前，且公司未依法补缴：员工可向社会保险行政部门投诉，要求公司限期补缴工伤保险费，并按日加收滞纳金；若公司逾期不缴，还可主张其承担欠缴数额1-3倍的罚款。
2. 若社保停止缴纳发生在工伤认定申请后，且已取得工伤认定书：员工可申请劳动仲裁，要求公司按《工伤保险条例》规定的待遇项目和标准支付全部工伤费用（包括医疗费用、伤残补助金等）。
3. 若公司停止缴纳社保后又补缴：补缴后新发生的工伤费用，可由工伤保险基金和公司按规定分别支付。

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