旷工3天但已办离职手续是否算旷离，需结合具体情况判断。通常，若已办理正式离职手续，一般不算旷离。但如果公司规章制度明确规定“旷工3天即视为自动离职（旷离）”且已公示或告知员工，即便后续办了离职，公司仍可能依此认定此前行为为旷离；若劳动合同未将旷工3天与旷离直接挂钩，且双方办理离职时就劳动关系解除达成一致、未提及旷离，则一般不按旷离处理；若员工旷工3天后主动申请离职，公司审批同意并按正常流程办理，通常视为双方协商一致解除劳动合同，不算旷离。
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旷工3天但办了离职手续是否算旷离，还可能受以下特殊情况影响：
1、公司规章制度未依法制定或公示。若规章制度未经职工代表大会/全体职工讨论、未与工会/职工代表协商确定，或未公示告知员工，则无法律效力，即便旷工3天并办离职，也不能认定为旷离，公司不能据此处罚。
2、员工旷工有正当理由且能提供证明。如因突发疾病、家庭重大变故等不可抗力或正当理由旷工3天，并能提供医院诊断证明、相关部门证明等，即便公司有旷离规定，办理离职时也可能不认定为旷离，公司应酌情处理。
3、离职手续办理有瑕疵或公司存在过错。若公司办理离职时存在程序违法（如未及时结算工资、未出具解除合同证明），或公司本身有未缴社保、拖欠工资等过错，员工据此旷工并办离职，一般不认定为旷离，员工还可要求公司承担法律责任。
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旷工3天但办了离职手续是否算旷离，法律层面需依据相关规定分析。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”若公司“旷工3天算旷离”的规定未经过民主程序制定、未公示或未告知员工，则对员工无约束力，即便旷工3天并办离职，也不应认定为旷离；反之，若规章制度合法有效，员工旷工3天可能符合旷离条件，但双方后续办离职手续的行为可视为对旷离认定的变更或放弃，此时一般不认定为旷离。
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旷工3天但已办离职手续，可能存在以下法律风险：
1、公司可能以“旷离”为由扣发工资或拒付经济补偿。若公司规章制度规定旷离属于严重违反规章制度，且员工旷工3天行为符合该规定，即便办了离职，公司也可能扣发旷工期间工资，甚至拒绝支付经济补偿。
2、员工可能因旷离记录影响未来就业。部分用人单位招聘时会核实离职原因，若有旷离记录，可能让新用人单位质疑职业素养，影响就业机会，尤其是对忠诚度和责任心要求高的岗位。

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